Istoria primilor ani ai Bisericii o regăsim pe paginile Bibliei. Cartea Faptele Apostolilor relatează moartea lui Ștefan şi a lui Iacov, care au fost primii din lungul şir de martiri. Primii care i-au persecutat au fost chiar evreii. Apoi au urmat romanii. Nici Imperiul Roman, nici alții, nu au reuşit să oprească răspândirea credinţei creştine.

             Creștinii erau urâţi, locurile lor de închinare erau distruse, iar bibliile lor erau arse. Mulţi dintre conducătorii lor erau torturaţi şi omorâţi. Ignaţiu din Antiohia şi Policarp din Smirna au fost unii dintre cei despre care avem relatări privind martirajul lor.

             Până în vremea împăratului Constantin, în jurul anului 300 d.Hr. a fost greu pentru creştini. Conducerea romană a impus multe legi cărora creştinii nu puteau să li se supună. Una din legi a fost aducerea de jertfe idolilor şi zeităţilor creştine. Uneori oamenilor li se cerea să se închine chiar şi împăratului.

             Apoi a venit la domnie împăratul Constantin care a fost mult mai tolerant cu creştinii. Pe vremea lui, mulţi oameni din Imperiul Roman au îmbrăţişat religia creştină. Împăratul Constantin a început un proces care a dus la apariţia religiei de stat.

             În anul 313 d.Hr. a dat un decret numit Edictul de la Milano, în care le garanta oamenilor libertatea religioasă. Prin acest edict s-a oprit persecutarea creştinilor şi s-a proclamat libertatea conştiinţei. Aceasta a dus la o perioadă de linişte de care s-a bucurat Biserica adevărată.

             Împăratul a oferit o haină albă şi douăzeci de monede de aur fiecărei persoane care se boteza în biserică. Aceşti oameni s-au alăturat bisericii de stat pentru avantajele materiale și sociale, astfel numărul mare de oameni care au fost botezaţi fără a avea roadele pocăinţei a condus la degradarea bisericii de stat.

Între biserica de stat şi Biserica adevarată au apărut mari deosebiri pe care le redăm mai jos:

Biserica lui Hristos Biserica romană

1. Nu lua parte la guvernare.                                                         1. A devenit activă în guvernare.

2. A rămas paşnică; nu a opus rezistenţă.                                 2. A avut mulţi soldaţi în armată;

                                                                                                                     pentru a se apăra a folosit forţa.

3. A practicat disciplinarea în Biserică.                                    3. A tolerat membrii neascultători.

4. A crezut în separarea de lume.                                                4. A adoptat practici lumeşti.

5. A fost gata să se umilească și să fie disprețuită.                5. A devenit arogantă.

6. A botezat pe baza pocăinţei adevărate.                               6. A practicat botezul copiilor.

şi a mărturisirii de credinţă.

                În această perioadă, practica botezului copiilor a avut o caracteristică generală, conducătorii vremii afirmând că acest botez îi făcea pe copii creştini şi că fără acest botez ei nu puteu fi mântuiţi.

                Biserica adevărată credea că botezul este valabil doar pe baza pocăinţei sincere și a mărturisirii de credinţă. Ea a rămas credincioasă învățăturilor lui Hristos. Novatian, un slujitor al Bisericii luase atitudine împotriva îndepărtării de la învățătura lui Hristos. El nu a acceptat ca valabil botezul bisericii apostate. A botezat pe cei care se alăturau Bisericii adevărate chiar dacă ei fuseseră deja botezaţi.

                Credincioşii care rămăseseră separaţi de biserica apostată credeau că adevărul se află în mijlocul lor pentru că ei ţineau învăţăturile lui Hristos şi ale apostolilor.

              Aceeași învățătură o găsim şi la donatişti. Ei botezau pe cei ce se alăturau Bisericii chiar dacă fuseseră botezați. Donatiștii arătau lipsa disciplinării membrilor în biserica de stat. Mulți au crezut că biserica de stat era biserica adevărată, chiar dacă ea nu îi excludea pe membrii păcătoşi şi neascultători, nefiind preocupați de problema păcatului în bisericile lor...

                În Biserica adevărată cei care păcătuiesc și nu se pocăiesc trebuie să fie excluși şi ocoliţi până când ei se pocăiesc. Creştinii care au căutat să ţină curată Biserica au continuat să fie Biserica adevărată a lui Hristos.

                Când Biserica a insistat asupra rebotezării celor convertiţi, creştini din biserica de stat au început să-i numească anabaptiști. Cuvântul anabaptistî nseamnă rebotezat sau cel ce rebotează, el fiind compus din ana care în latină inseamnă re; şi Baptist care înseamnă botezat. Denumirea folosită de cei ce îi batjocoreau, a ajutat cel mai bine la identificarea lor în secolele care au urmat.

                Această învățătură a botezării credincioşilor a adus persecuții pentru creştini, dar ei au rămas fideli credinţei că botezul era valabil numai pe baza pocăinţei sincere şi a mărturisirii credinţei. Biblia ne spune că Biserica lui Hristos va continua să existe până la sfârșitul vremii.

                Dacă privim în istorie este dificil să găsim relatări precise ale acestor vremuri pentru că Biserica adevărată a fost persecutată, au existat puține mijloace de transport, nu era descoperit tiparul și lipseau mijloacele de comunicare de la o localitate la alta.
               Dovezile care arată că Biserica a continuat să existe, provin de la dușmanii Bisericii prin relatarile curților de judecată și prin alte scrieri. Creștinii au îndurat mari persecuții în timpul Epocii Întunecate.